MPS-Diagnostik (NGS): Variantenbewertung und Befundung
Hintergrund
Hochdurchsatz-Sequenzierverfahren (Massives Paralleles Sequenzieren, MPS) stellen die zentrale Methodik in der modernen humangenetischen Diagnostik dar. Sie ermöglichen die zeitgleiche Analyse zahlreicher genomischer Bereiche zur Abklärung seltener Erkrankungen und genetischer Tumorrisikosyndrome.
Die AWMF-Leitlinie formuliert allgemeingültige Aspekte für den diagnostischen Einsatz von Short-Read- und Long-Read-Verfahren. Ziel ist es, die diagnostische Ausbeute zu erhöhen und die Qualität der medizinischen Versorgung zu verbessern.
Dabei wird betont, dass neben der reinen Datenerzeugung insbesondere die bioinformatische Prozessierung sowie die klinische Bewertung und Befundung der Varianten eine hohe humangenetische Expertise erfordern.
💡Praxis-Tipp
Ein zentraler Hinweis der Leitlinie betrifft den Umgang mit Varianten unklarer Signifikanz (VUS). Es wird davon abgeraten, VUS im Befund zu erwähnen, wenn deren Pathogenität für den spezifischen Fall unplausibel erscheint und nicht durch weiterführende Analysen eingegrenzt werden kann. Eine übermäßige Nennung solcher Varianten stiftet laut Leitlinie unnötige Unsicherheit im klinischen Management.
Häufig gestellte Fragen
Die Leitlinie empfiehlt zum jetzigen Zeitpunkt die Verwendung des Genome Build GRCh38 als Referenzgenom. Dies wird begründet, da die Sequenzen der MANE Select-Transkripte nur mit dieser Genomassemblierung genau übereinstimmen.
Es wird empfohlen, das fünfstufige Klassifizierungssystem des American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) zu nutzen. Von der Verwendung einer zusätzlichen numerischen Klassifizierung wird dringend abgeraten.
Laut Leitlinie wird eine systematische Reanalyse der Daten und ein daraus resultierender Bericht neuer Befunde nicht erwartet. Eine erneute Auswertung sollte in der Regel nur auf eine konkrete Anfrage hin und nach einem sinnvollen zeitlichen Abstand erfolgen.
Die Leitlinie stellt klar, dass Varianten in Genen, die nach aktuellem Kenntnisstand nicht mit einer Erkrankung assoziiert sind, nicht in einem diagnostischen Befund erwähnt werden sollen. Diese können gegebenenfalls in einem separaten Forschungsbefund berichtet werden.
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Quelle: Molekulargenetische Diagnostik mit Hochdurchsatz-Sequenzierverfahren (Massives Paralleles Sequenzieren, MPS) (AWMF). Originaldokument ansehen
KI-generierte Zusammenfassung. Keine Diagnose- oder Therapieempfehlung. Die klinische Entscheidung trifft der behandelnde Arzt.
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