Hochdurchsatz-Sequenzierung (MPS): S1-Leitlinie (AWMF)
📋Auf einen Blick
- •MPS-Verfahren sollen im diagnostischen Kontext zur Erhöhung der diagnostischen Ausbeute eingesetzt werden.
- •Die Variantenbewertung muss nach dem fünfstufigen Klassifizierungssystem der ACMG erfolgen.
- •Für die bioinformatische Auswertung wird das aktuellste Referenzgenom (derzeit GRCh38) empfohlen.
- •VUS (Variants of Uncertain Significance) sollen nur bei plausibler Pathogenität und passendem Phänotyp berichtet werden.
- •Eine systematische Re-Analyse der Daten erfolgt nicht routinemäßig, sondern nur auf explizite Anforderung.
Hintergrund
Die S1-Leitlinie behandelt die molekulargenetische Diagnostik mittels Hochdurchsatz-Sequenzierverfahren (Massives Paralleles Sequenzieren, MPS, häufig auch NGS genannt). MPS-Verfahren sollen im diagnostischen Kontext angewendet werden, wenn sie zur Erhöhung der diagnostischen Ausbeute sowie zur Qualitäts- und Effizienzverbesserung beitragen. Die Leitlinie definiert Standards für den gesamten Prozess von der Präanalytik über die Bioinformatik bis zur Befunderstellung.
Präanalytik und Laboranforderungen
Vor der Diagnostik muss eine Einwilligung gemäß § 8 GenDG vorliegen. Das Labor muss transparent über validierte genomische Bereiche, Variantentypen und Limitationen des Verfahrens informieren.
- Probenverfolgung: Eine lückenlose Nachvollziehbarkeit (z. B. via Barcodes) von der Primärprobe bis zum Befund ist essenziell.
- Qualitätssicherung: Externe Qualitätssicherungsmaßnahmen (Ringversuche) müssen Genotypisierung und Befundung umfassen.
- Validierung: Bei schwierigen Geweben (z. B. FFPE) ist eine eigene Validierung erforderlich.
Bioinformatik und Datenprozessierung
Die bioinformatische Pipeline muss auf die Sequenziermethodik abgestimmt und für alle zu berichtenden Variantentypen validiert sein.
- Referenzgenom: Es sollte das aktuellste Referenzgenom genutzt werden (derzeit GRCh38 empfohlen).
- Updates: Ein standardisiertes Protokoll für Updates der Bioinformatik-Pipelines und Datenbanken muss vorliegen.
Für die Datenprozessierung sollen etablierte Standardformate genutzt werden:
| Datentyp | Empfohlenes Format | Alternative |
|---|---|---|
| Rohdaten | BAM / CRAM | - |
| Kleine Varianten | VCF | - |
| Strukturvarianten (SV) | VCF | BEDPE |
| Copy Number Variations (CNV) | VCF | CVS / TSV |
| Zielregionen (Panel) | BED | - |
Variantenbewertung
Zur Interpretation von Varianten sind umfassende klinische Informationen notwendig, idealerweise in einem standardisierten Format wie HPO-Terms (Human Phenotype Ontology).
Die Bewertung muss nach dem fünfstufigen Klassifizierungssystem der ACMG erfolgen. Von numerischen Eigenklassifikationen (Klasse I, II etc.) wird abgeraten.
| ACMG-Klasse | Bedeutung |
|---|---|
| Benign | Gutartig |
| Likely benign | Wahrscheinlich gutartig |
| VUS | Unklare klinische Signifikanz (Variant of uncertain significance) |
| Likely pathogenic | Wahrscheinlich pathogen |
| Pathogenic | Pathogen |
Für größere Strukturvarianten (SVs) ist eine standardisierte Nomenklatur nach aktueller ISCN bzw. HGVS zu verwenden.
Befunderstellung
Der Befundbericht muss prägnant sein und auf der ersten Seite den Untersuchungsgrund, eine Kurzbeschreibung der Analyse sowie eine kurze Ergebnisdarstellung enthalten.
Umgang mit VUS (Variants of Uncertain Significance):
- VUS dürfen nur dann berichtet werden, wenn der Phänotyp des Patienten mit dem Krankheitsgen übereinstimmt und eine Pathogenität plausibel ist.
- Varianten in Genen ohne bekannte Krankheitsassoziation (GUS) sollen im diagnostischen Befund nicht erwähnt werden.
- Im Befund muss klar dargestellt werden, welche Variantenklassen nicht berichtet werden (z. B. benigne Varianten).
Re-Analyse: Eine systematische Re-Analyse der Daten wird nicht erwartet, es sei denn, sie wird explizit angefordert (z. B. bei neuen klinischen Aspekten) oder im Rahmen interner Qualitätssicherung durchgeführt.
💡Praxis-Tipp
Verwenden Sie bei der Anforderung einer MPS-Diagnostik standardisierte HPO-Terms. Wählen Sie bei unklaren Phänotypen eher in der Hierarchie höher gelegene (unspezifischere) HPO-Terms, um zu vermeiden, dass relevante Gene bei der Filterung übersehen werden.